ریوتا در جستجوی برادرش، به همراه دو نوجوان دیگر مخفیانه وارد قایقی متعلق به یک جنایتکار می‌شود. کشتی آن‌ها در جزیره لچی غرق می‌شود و آن‌ها پی می‌برند که بومیان جزیره نوزاد توسط یک سازمان تروریستی که هیولایی سخت‌پوست را کنترل می‌کند، به بردگی گرفته شده‌اند. آن‌ها با پیدا کردن گودزیلای خوابیده، تصمیم می‌گیرند او را بیدار کنند تا تروریست‌ها را شکست دهد و بومیان را آزاد کند.

یک سفر اکتشافی زیردریایی برای نجات بقایای مگاگودزیلا توسط دایناسور عظیمی به نام تیتانوسوروس خنثی می‌شود. تحقیقات اینترپل باعث می‌شود تا یک زیست‌شناس به نام ایچینوسه از کارهای دکتر مافونه و دختر مرموزش کاتسورا پرده بردارد. با هم‌پیمان شدن کاتسورا با بیگانگان سیاهچاله، زندگی او با این ماشین احیاشده گره می‌خورد.

فضانوردان، گلن و فوجی، درباره سیاره ایکس تحقیق می‌کنند و با بیگانگان مرموزی به نام زیلین‌ها مواجه می‌شوند که از مردم زمین می‌خواهند برای نجات دنیایشان از دست «هیولای صفر» به آن‌ها کمک کنند. زیلین‌ها در ازای قرض گرفتن گودزیلا و رودان، داروی درمان سرطان را پیشنهاد می‌دهند. در حالی که گلن مشغول تحقیق است، رابطه‌ای عاشقانه با دوشیزه نامیکاوا آغاز می‌کند و از نیت واقعی زیلین‌ها پرده برمی‌دارد.

پس از اینکه یک شهاب‌سنگ هیولایی سه سر را در توکیو رها می‌کند، ماترا تلاش می‌کند تا با گودزیلا و رودان متحد شود تا با این تهدید فرازمینی مبارزه کند.

یک درام جنایی ساخته کمپانی توهو که به تجارت مواد مخدر می‌پردازد.